En un tiempo lejano, tuvo lugar la "Gran Destrucción" que erradicó todo signo de vida en la región de Kalos. Esta Gran Destrucción fue traída por el legendario Yveltal, el Pokémon Destrucción, del cual se dice que roba todo vestigio de vida. Tras destruirlo todo, Yveltal se convirtió en el "Capullo de la Destrucción", en el cual duerme hasta hoy en día.
Cuando sucedió la gran catástrofe, el único que pudo rivalizar con Yveltal fue Xerneas, el Pokémon Vida, del cual se dice que dio vida a las personas y los Pokémon.
El viaje para encontrarse a estos dos Pokémon legendarios en la región de Kalos comienza...