Abandonados por sus abusivos padres y con la única dependencia del otro, los hermanos Utsutsu y Yume Hasegawa se encuentran desviados por las hermosas mariposas rojas que han aparecido en su mundo. Sin saberlo, estos heraldos de alas carmesí anuncian el comienzo de una pesadilla caníbal: un misterioso virus conocido como Pupa está a punto de eclosionar.

Tras sucumbir a todos los efectos de Pupa, Yume sufre una grotesca metamorfosis en una criatura monstruosa con un insaciable deseo de carne; Utsutsu, por su parte, sólo se ve afectado parcialmente, adquiriendo en cambio notables poderes regenerativos. Reafirmando la determinación de mantener la promesa que se hizo a sí mismo años atrás, Utsutsu está dispuesto a sacrificarlo todo para estar siempre al lado de su preciada hermanita.

Pupa cuenta la historia de la lucha desesperada de un hermano cariñoso por salvar a su hermana mientras protege al mundo de su incontrolable hambre.