La historia del anime se desarrolla en un mundo en el que los humanos luchan una guerra sin fin contra los UNKNOWN, los cuales lanzaron su invasión varias décadas atrás. Los niños entonces entraron en un largo sueño para poder escapar del peligro y sobrevivir. Cuando despiertan, los niños descubren que tienen poderes sobrenaturales, así que crean ciudades en las que defenderse en Tokio, Kanagawa y Chiba para proteger el país de los UNKNOWN, que aparecen entrando por un portal en la Bahía de Tokio.