Un año después de los sucesos del Santuario, Subaru Natsuki entrena duro para afrontar mejor los retos futuros. Los días de paz llegan a su fin cuando Emilia recibe una invitación a una reunión en la Ciudad Acuática de Priestella de nada menos que Anastasia Hoshin, una de sus rivales en la selección real. Considerando la importancia de la reunión y los peligros potenciales a los que Emilia podría enfrentarse, Subaru y sus amigos la acompañan.

Sin embargo, a medida que Subaru se reencuentra con viejos socios y compañeros en Priestella, surgen nuevos y formidables enemigos. Impulsados por motivaciones fanáticas y empleando métodos despiadados para lograr sus ambiciones, el nuevo enemigo tiene como objetivo a Emilia y amenaza la existencia misma de la ciudad. Reuniendo a sus aliados, Subaru debe darlo todo una vez más para impedir que sus y nefastos objetivos se conviertan en una realidad concreta.