El Imperio Alzano alberga una de las escuelas de magia más distinguidas del mundo: la Academia Imperial de Magia Alzano. En ella, jóvenes estudiantes ambiciosos reciben formación para convertirse en magos competentes. Sistine Fibel, una noble y severa muchacha, y su mejor amiga Rumia Tingel, de ojos brillantes, asisten a la Academia decididas a cultivar sus habilidades mágicas.

Sin embargo, su mundo se tambalea cuando su profesor favorito se jubila repentinamente y le sustituye el enigmático Glenn Radars. Su actitud perezosa e indiferente hacia la vida y la magia no tarda en enemistarlo con su clase. Además, fuerzas nefastas ocultas entre los muros del imperio comienzan a activarse, y Sistine, Rumia y Glenn se ven atrapados en sus planes.

Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records sigue a Sistine, cautivada por un misterioso castillo flotante; a Rumia, atormentada por un pasado turbulento; y a Glenn, que puede ser más de lo que parece. Aunque en apariencia son completamente diferentes, están inexplicablemente unidos por un hilo del destino.