En el año 2020, una nación se enfrenta a la amenaza omnipresente de los "Otros", monstruos misteriosos que caen del cielo y se alimentan de cerebros humanos. Al mismo tiempo, se descubre en el cuerpo humano la psiónica, una hormona que confiere a ciertas personas habilidades extrasensoriales eficaces contra los Otros. Posteriormente, el fundador de la nación crea la Fuerza de Supresión de los Otros (OSF) para combatir a estos monstruos y salvar a la humanidad. Comúnmente conocidos como los Guardianes Escarlata, los jóvenes con psiónica se someten a un entrenamiento intensivo para unirse a este grupo.

Un día, la nación prepara una ceremonia de iniciación para los reclutas excepcionales que han completado el agotador entrenamiento para convertirse en Guardianes Escarlata. Entre estas jóvenes élites se encuentra Yuito Sumeragi, el decidido hijo del fundador de la nación; a la edad de cinco años, fue rescatado por una mujer del OSF. Para saldar esta deuda, se une a la organización, deseoso de poner en práctica su entrenamiento. Cuando conoce a sus nuevos camaradas, se enfrenta a un gran problema: la mujer que le salvó hace años se parece mucho a una de sus compañeras de equipo. Sin embargo, esta debería ser la menor de sus preocupaciones: sin que él lo sepa, se está gestando una conspiración capaz de sacudir a todo el país.