Para los estudiantes de bachillerato como Shouichi Kamita, los exámenes de acceso a la universidad y el futuro son preocupaciones habituales. Es también durante esta época de la vida cuando una misteriosa emoción que atormenta a la gente de todas las edades puede empezar a pesar en la mente de uno: el amor.

En este punto de su adolescencia, Shouichi encuentra a tres chicas con las que podría imaginarse un futuro: la siempre alegre Hikari Tsuneki, que se burla de Shouichi sin piedad, pero que en realidad tiene un lado más suave; la competitiva jugadora Tooru Miyamae, que tiene dificultades para comunicarse con los demás; y la amiga de la infancia de Shouichi, Kyouko Touno, la a veces inmadura entusiasta del manga shoujo. Seiren sigue las relaciones de Shouichi con estas tres chicas a lo largo de tres arcos separados, a medida que sus sentimientos crecen a partir del interés mutuo y florecen en algo más hermoso.