Hace miles de años, el antiguo dragón Bahamut causó estragos en la tierra de Mistarcia, un mundo en el que tanto dioses como demonios viven entre la humanidad. Trabajando juntos para evitar la destrucción del mundo, las deidades rivales consiguieron a duras penas sellar a Bahamut, acordando repartirse la llave entre ellos para que el dragón permaneciera eternamente prisionero.

Con el mundo a salvo de la destrucción de Bahamut, todo sigue igual para los cazarrecompensas como Favaro Leone. Con un estilo de vida relajado y egoísta, el amoral Favaro se dedica a su trabajo mientras huye de su compañero cazarrecompensas Kaisar Lidfard, un hombre justo que jura vengarse de Favaro. Sin embargo, la despreocupada vida de Favaro se ve sumida en el caos cuando conoce a Amira, una misteriosa mujer que posee la mitad de la clave de la frágil paz mundial.

Shingeki no Bahamut: Génesis narra la historia de un grupo de improbables héroes que se ven atrapados en medio de un épico enfrentamiento entre dioses y demonios, obligados a labrar su propio camino ante la inminente tormenta.