Ittoki Sakuraba no entiende por qué su madre, su tío y su amigo de la infancia, Kousetsu, parecen tomarse su seguridad tan en serio. Kousetsu le sigue y observa constantemente sin tener en cuenta su intimidad, centrándose únicamente en mantenerlo a salvo en todo momento. Pero el acoso constante empieza a tener sentido cuando una adorable estudiante de segundo curso de su instituto, Satomi Tsubaki, invita a Ittoki a salir. Aunque en un principio son inocentes, las verdaderas intenciones de Tsubaki no tardan en hacerse patentes cuando Ittoki visita su casa; planea asesinarlo, y no está sola. Sorprendentemente, los que acuden en su ayuda son su tío y Kousetsu, ataviados con sus oscuros y mortíferos atuendos ninja.

Después de que Ittoki sea escoltado a un lugar seguro, su madre le revela la verdad: es el decimonoveno heredero de un noble clan de ninjas conocido como los Iga, y el objetivo de asesinato de su clan rival, los Koga. Para protegerse de esta nueva amenaza, Ittoki debe perfeccionar sus habilidades en la única academia ninja que queda en Japón: la Academia Ninja Kokuten.