Shy ha crecido un poco tras luchar contra los "Amalareik", liderados por el misterioso chico Stigma. Cuando regresa a Japón, conoce a una chica llamada Ai Tennouji que ha huido de su aldea ninja. Ai le cuenta a Shy que abandonó la aldea para perseguir a un miembro de los "Amalareik". Mientras tanto, se produce un incidente en el que Tokio se ve repentinamente envuelta en una bola negra y desaparece. Los héroes son enviados a rescatar a Tokio.