Han pasado mil años desde que el Gauna, una extraña raza alienígena con ningún método conocido de comunicación, destruyó el sistema solar. Una parte de la humanidad logró escapar utilizando enormes "barcos de semillas", como el Sidonia, que ha permitido mantener la población, mientras que van a la deriva por el espacio. Nagate Tanikaze es un joven que ha sido criado en las entrañas de la nave. Cuando él entra en la formación para pilotar las enormes armas robóticas conocidas como Gardes, Nagate se encarga de pilotar la legendaria unidad conocida como Tsugumori. Nagate y sus compañeros pilotos ponen sus vidas en la línea contra el Gauna, en la última batalla por la supervivencia de la humanidad!