La oscura historia no contada de Steins;Gate que conduce con el excéntrico científico loco Okabe, que lucha por recuperarse de un intento fallido de rescatar a Kurisu.
Decide darse por vencido y abandona a su animado álter ego científico, en la búsqueda de olvidar el pasado.
Cuando todo parece ser normal, aparentemente se retira al pasado al conocer a un conocido de Kurisu, quien le dice que han comenzado a probar un dispositivo que almacena la memoria de un ser humano y crea una simulación de ellos con sus características y personalidades.
Okabe comienza a probar y descubre que la simulación de Kurisu ha traído angustia y algunas nuevas tragedias inesperadas.

Zero es una historia paralela que explora los eventos del futuro del Beta Attractor Field que contribuyen a hacer posible el final de la historia original.