Un día, en la bulliciosa ciudad de Shibuya, un chico llamado Neku Sakuraba se encuentra con dos alfileres negros que le permiten leer la mente de las personas que le rodean. Sin embargo, estos alfileres también le dan la capacidad de ver el "Ruido", criaturas hostiles capaces de "borrar" a la gente de la existencia. Tras descubrir que está atrapado en los confines de la ciudad, Neku recibe un mensaje sobre una misión que, sin embargo, le borrará si fracasa.

Mientras intenta defenderse de un ataque de los Noise, Neku conoce a una chica llamada Shiki Misaki que le pide que forme un pacto de asociación con ella para luchar contra los monstruos. Shiki le explica que ella y Neku se han convertido en "Jugadores" que participan en el "Juego de la Parca", un evento que dura siete días, cada uno con una misión diferente.

A medida que Neku y Shiki se esfuerzan por sobrevivir cada día que pasa, empiezan a conocer a otros jugadores y segadores por igual, luchan contra Noise más fuertes y descubren la verdad que se oculta tras el misterio que envuelve este juego.