En un futuro distante, la alianza galáctica humana ha estado constantemente luchando para su supervivencia contra unos seres llamados "Hidiaasu". Durante una intensa batalla, el joven teniente Redo y su arma móvil humanoide son tragados por una distorsión del espacio y del tiempo en el planeta Tierra. En este planeta inundado por los mares, las personas viven en flotas de gigantes buques. Redo llega a uno de las flotas llamada Gargantia. Sin ningún conocimiento acerca de este planeta, historia o cultura, el es forzado a vivir junto a Amy, quien sirve como mensajera abordo de Gargantia, y le ayudara a adaptarse a una vida pacifica.