Kyon se ha visto arrastrado a muchas aventuras últimamente, todo por culpa del club Brigada SOS y su excitable líder, Haruhi Suzumiya. Hace tiempo que dejó de creer en lo sobrenatural, pero tras verse obligado a unirse a este club basándose únicamente en ello, ha visto cosas que no pueden explicarse de forma lógica.

Acompañan a Kyon en sus diversas desventuras la tímida y de voz suave Mikuru Asahina, la aficionada a los libros Yuki Nagato y el siempre alegre Itsuki Koizumi. Ya sean las vacaciones de verano o un festival escolar, las cosas relacionadas con su club y con la propia Haruhi siempre acaban resultando extrañas.