El Soul Translator es una interfaz de inmersión completa de última generación que interactúa con Fluctlight del usuario, el equivalente tecnológico de un alma humana, y difiere fundamentalmente del método ortodoxo de enviar señales al cerebro. El instituto privado Rath tiene como objetivo perfeccionar su creación al enlistar la ayuda del sobreviviente de Sword Art Online Kazuto Kirigaya. Trabaja allí como empleado a tiempo parcial para probar las capacidades del sistema en el inframundo: el reino fantástico generado por el traductor de almas. Según el contrato de confidencialidad, cualquier recuerdo creado por la máquina en el mundo virtual se borra al regresar al mundo real. Kazuto solo puede recordar vagamente un solo nombre, Alice, lo que provoca una sensación de inquietud cuando se menciona en realidad.

Cuando Kazuto acompaña a Asuna Yuuki a su casa una noche, se encuentran con un enemigo familiar. Kazuto está mortalmente herido en la lucha que sigue y pierde el conocimiento. Cuando llega, descubre que se ha sumergido por completo en el Inframundo, aparentemente sin forma de escapar. Se embarca en una búsqueda, buscando un camino de regreso al mundo físico una vez más.