En 2242, los restos de la humanidad se ven obligados a vivir en ciudades dispersas en forma de burbuja por tierras devastadas. Escondidos de la lluvia tóxica y de formas de vida hostiles conocidas como Enders, sobreviven gracias a una nueva fuente de energía procedente de los cristales AO. Los encargados de arriesgar sus vidas para recoger cristales AO se llaman drifters, y pilotan versátiles tanques bípedos con el apoyo de androides de combate llamados magus.

Mientras explora ruinas remotas con su amigo Tokio, un vagabundo excepcionalmente dotado, el futuro vagabundo Kanata descubre a Noir, una magus aparentemente intacta en éxtasis. Aunque se despierta sola, Noir ha perdido sus recuerdos y no es de ninguna ayuda en el trabajo de Kanata. Sin embargo, en medio de un ataque de los Enders, Kanata descubre que Noir posee notables habilidades de combate. La pareja se embarca en un viaje no solo para esclarecer el pasado de Noir, sino también para descubrir la ubicación de Histoire, la mítica ciudad que alberga secretos del mundo y que Kanata siempre ha soñado con visitar.