En un mundo plagado de peligros y amenazas mágicas, existen guerreros especiales -conocidos como Inquisidores- que se encargan de prevenir de forma no violenta estas amenazas y acciones nefastas. La Academia Antimagia es una escuela especializada construida para educar y entrenar a estos Inquisidores, que divide a sus estudiantes en pequeños escuadrones para entrenarlos a trabajar juntos. Entre estos talentosos escuadrones se encuentra el 35º Pelotón de Pruebas, también conocido como el "Pelotón de los Pequeños Alevines" debido a su bajo rango y a la incompetencia de sus miembros.

Sin embargo, todo cambia cuando Ouka Ootori, una antigua inquisidora poderosa pero rebelde, se ve obligada a unirse debido a su tendencia a romper las reglas y a cometer una grave infracción: el asesinato de una bruja. Los ánimos se caldean a su llegada, ya que choca con su torpe capitán Takeru Kusanagi y discute con el resto del escuadrón por su opinión sobre las brujas. Este ecléctico grupo tiene un largo camino por recorrer si desea triunfar y ascender en la Academia Antimagia: primero deben dejar a un lado sus diferencias y llegar a trabajar juntos como un equipo.