Se trata de una historia alternativa de Japon, el fotografo independiente Minagami Hayato regresa a su pueblo natal de Ootomo para investigar los rumores de un hombre que lleva una mascara de craneo cometiendo homicidios.
Una vez en la ciudad, descubre conexiones entre las victimas y una compania farmaceutica local, unas nuevas sectas religiosas, extranos seres mitad humanos, mitad criaturas.
Junto a una joven fotografa, decide descubrir quien es realmente el hombre del craneo.

The Skull man esta basada en un manga creado por Shotaro Ishinomori y aparecio por primera vez en Shonen Magazine en el ano 1970 e inmediatamente causo sensacion, vendiendo sobre 1.5 millones de copias.