Continuacion directa de To Aru Majutsu No Index donde volvemos a la carga con las aventuras de Touma como protagonista junto a la arrebatada Index.
La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos cientificamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el Imagine Breaker negara toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un dia encuentra una chica joven colgando de su balcon que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice Librorium-Prohibitorum, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quito de la circulacion.