Witch Craft Works es una historia de romance y fantasía en la que Takamiya Honoka, un chico de preparatoria encuentra un misterioso peluche en la basura; el cual sin saberlo lo hará verse involucrado en una batalla entre brujas. Honoka descubrirá que Kagari Ayaka, su compañera de clase, es una de ellas, y no dudará en dar su vida para protegerlo.