Tras el suicidio de su mejor y único amigo, Koito Nagase, Ai Ooto se enfrenta a su nueva realidad. Sin nada más por lo que vivir, sigue las instrucciones de una misteriosa entidad y se ve obligada a comprar un huevo, o más concretamente, un Huevo Maravilla.

Al romper el huevo en un mundo que se materializa durante su sueño, Ai recibe la tarea de salvar a la gente de las adversidades que se le presentan. Al hacerlo, cree haber dado un paso más para salvar a su mejor amiga. Con esta peligrosa pero tentadora oportunidad en las palmas de sus manos, Ai entra en un lugar donde debe reconocer la relación entre los demonios de otras personas y los suyos propios.

A medida que los traumas del pasado, los remordimientos inolvidables y los miedos innatos eclosionan en el extraño mundo de Wonder Egg Priority, una joven descubre las diferentes luchas internas que atormentan a la humanidad y las rescata de sus peores temores.