En la ciudad de Den City, miles de duelistas participan en un espacio de realidad virtual conocido como Link Vrains, donde los usuarios pueden crear avatares únicos y participar en juegos de Duel Monsters entre ellos. Como una misteriosa organización de hackers conocida como los Caballeros de Hanoi amenaza este mundo, un estudiante de secundaria llamado Yusaku Fujiki lucha contra ellos bajo la apariencia de Playmaker.

Un día, Yusaku se encuentra con un peculiar programa de inteligencia artificial, que él llama Ai, que pone en marcha una vorágine digital en Link Vrains conocida como Data Storm. A medida que la aparición de esta tormenta da lugar a Speed Duels, en la que los duelistas navegan el viento mientras luchan, Yusaku lucha contra Hanoi para descubrir la verdad sobre un incidente que le sucedió hace años.