Yoshino Takigawa, un adolescente normal y corriente, sale en secreto con la hermana menor de su mejor amigo Mahiro. Pero cuando su novia Aika muere misteriosamente, Mahiro desaparece, jurando encontrar al responsable y hacerle pagar por el asesinato de su querida hermana. Yoshino sigue su vida como siempre y no sabe nada de Mahiro desde hace un mes, hasta que se enfrenta a una extraña chica que le apunta con una pistola, y su mejor amigo llega en el momento justo para salvarle.

Yoshino se entera de que Mahiro ha conseguido la ayuda de una bruja llamada Hakaze Kusaribe para encontrar al asesino de Aika y de la existencia de una entidad conocida como el "Árbol del Éxodo". El hermano de la bruja desea egoístamente hacer uso de su poder, a pesar del peligro inminente para el mundo. Sin embargo, Hakaze es desterrada a una isla desierta, y ahora depende de Yoshino y Mahiro ayudarla a salvar el mundo, mientras se acerca cada vez más a la verdad detrás de la muerte de Aika.