Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen está ambientada en una realidad alternativa en la que Tomoya Okazaki sale con su compañera de clase, Tomoyo Sakagami.

Tomoyo ha sido elegida para ser la próxima presidenta del Consejo Estudiantil de la escuela. Esto es una gran noticia, ya que ahora puede trabajar para lograr su objetivo de evitar que los cerezos en flor de la escuela sean cortados. Aunque Tomoya está exultante por ella, dada su reputación de delincuente en la escuela, su relación con Tomoyo los está convirtiendo en objeto de cotilleo en el campus, lo que puede comprometer su posición como presidenta del Consejo Estudiantil. La desaprobación de su relación por parte de la comunidad escolar se hace más evidente cuando el vicepresidente del Consejo Estudiantil e incluso la administración de la escuela advierten a Tomoya que se distancie de Tomoyo.

Con el mal ambiente que se respira, Tomoya sucumbirá a la presión social y hará lo que le digan, o su amor por el otro se elevará por encima de todo.