A pesar del reciente ataque a Akuma, los miembros de la Orden Negra están de buen humor mientras se preparan para mudarse a una nueva base. Inmediatamente después de su llegada, sin embargo, Allen Walker es llamado de repente por la Agencia Central y tiene su brazo sellado a la fuerza por la Orden. Entonces es llevado a un sorprendente encuentro con su maestro, el General Cross Marian, quien revela asombrosos secretos que rodean al enigmático 14º Noé.

Un incidente de ladrón fantasma, la llegada de un misterioso grupo de exorcistas, la muerte de un importante camarada, y una batalla total contra la familia Noah, ¿qué significa esto para Allen, Yuu Kanda, y el resto de la Orden? Esto es sólo el comienzo de una serie de extraños eventos aparentemente inconexos que llevan a algo mucho más grande.