Un infierno tecnológico disfrazado de paraíso, la Academia Tsukimihara es un instituto artificial que sirve de escenario para la próxima Guerra del Santo Grial. Creada por el ordenador de la Célula Lunar, la escuela está habitada por almas proyectadas por la Tierra que tienen la más mínima aptitud para ser un "Maestro". De estas 256 almas, 128 serán elegidas para el torneo principal y se les otorgará un Siervo. Con todos los Maestros seleccionados, la Academia activa una purga, apuntando a las formas de vida restantes para su eliminación.

Despertando en un charco de su propia sangre, Hakuno Kishinami se niega a morir. Alimentado por sentimientos de odio desconocidos, promete luchar por la supervivencia. Mientras lucha por escapar de un perseguidor implacable, encuentra una hoja carmesí hundida en el suelo; y al sacarla, Hakuno convoca a su propio sirviente, Saber, que destruye instantáneamente a su perseguidor en una ráfaga de pétalos de rosa. Con su nuevo poder, Hakuno debe comenzar su viaje al núcleo de la Célula Lunar, la Jaula Angélica. Allí, revelará la razón de este mundo artificial y los secretos de su propio pasado sangriento.