Después de que un misterioso infierno mate a su familia, Shirou es salvado y adoptado por Kiritsugu Emiya, quien le enseña los caminos de la magia y la justicia.

Una noche, años después de la muerte de Kiritsugu, Shirou está limpiando en la escuela, cuando se encuentra atrapado en medio de un encuentro mortal entre dos superhombres conocidos como Siervos. Durante su intento de escapar, el chico es atrapado por uno de los Siervos y recibe una herida mortal. Milagrosamente, sobrevive, pero el mismo Siervo regresa para terminar lo que empezó. En su desesperación, Shirou convoca a su propio sirviente, un caballero llamado Saber. Los dos deben participar en la Quinta Guerra del Santo Grial, una batalla real de siete siervos y los magos que los convocaron, siendo el gran premio nada menos que el propio Santo Grial omnipotente.

La noche de destino y estancia sigue a Shirou mientras lucha por encontrar la fina línea entre un héroe y un asesino, sus ideales chocan con la dura realidad que le rodea. ¿Se convertirá el chico en un héroe como su padre adoptivo, o morirá en el intento?