Mientras la Cuarta Guerra del Santo Grial continúa sin un claro vencedor a la vista, los restantes Siervos y sus Maestros son llamados por el supervisor de la Iglesia, Risei Kotomine, para unirse y afrontar una amenaza inminente que podría desentrañar la Guerra del Grial y provocar la destrucción de la ciudad de Fuyuki. La incómoda tregua pronto se derrumba mientras los Maestros demuestran que harán todo lo que esté en su poder, no importa cuán despreciable, para ganar.

Se siembran semillas de duda entre Kiritsugu Emiya y Saber, su sirviente, al chocar sus conflictivas ideologías sobre el heroísmo y la caballerosidad. Mientras tanto, se forma un lazo ominoso entre Kirei Kotomine, que aún busca su propósito en la vida, y uno de los restantes Siervos. A medida que la cuenta atrás para el final de la guerra llega a cero, el costo de la victoria comienza a desdibujar la línea entre la victoria y la derrota.