Anteriormente asistente del profesor Platane de Ciudad Miare, Alain y su Lizardón emprendieron un viaje para ser aún más fuertes, dominando los poderes de la mega evolución. Investigando los misterios de este fenómeno, a instancias de la enigmática Flor de Lis, Alain y el Lizardón viajan a través de Kalos y Hoenn en busca de entrenadores capaces que puedan utilizar la mega evolución para mejorar, así como ayudar a Flor de Lis con su investigación. En el camino, se encuentran con una joven llamada Manon que, con su Harimaron, decide acompañar a Alain, a lo que él accede de mala gana.

Pokemon XY: Mega Evolución sigue a Alain y a Lizardon en su viaje para convertirse en los usuarios más fuertes de la mega evolución, mientras que también luchan contra los monstruos legendarios para proteger las ambiciones de Fleur-de-lis, así como la seguridad de los más importantes para él.