¡El viaje de Satoshi y sus amigos a través de la región de Kalos continúa! Después de que Satoshi obtiene su séptima insignia del gimnasio, el grupo se mueve hacia el siguiente pueblo cuando Eureka descubre un misterioso Pokemon descansando en su bolsillo. Pronto se le da el nombre de Puni-chan, es uno que ni siquiera Satoshi y el nuevo Pokemon Zukan de Serena pueden identificar. Sin embargo, pronto se hace evidente que Puni-chan es el objetivo de un misterioso grupo vestido con trajes de color rojo brillante conocido como Team Flare, con el fin de capturar al nuevo Pokemon para avanzar en su agenda. Pero cuando Satoshi y la banda se dan cuenta de que la enigmática organización no tiene intención de tratar a Puni-chan con ninguna decencia, se oponen a los planes del Equipo Flare, atreviéndose a luchar.

Con las predicciones de Gojika por encima de ellos, Satoshi apunta a su última insignia de gimnasio mientras Serena compite por su última Llave de Princesa para poder competir en el TriPokalon Master Class. Pero a medida que el Equipo Flare comienza a moverse en busca de la misteriosa Z, las historias de Pokemon XY y Pokemon XY: Mega Evolución se cruzan mientras Satoshi y sus amigos, junto con el Equipo Rocket, se ven envueltos en un esquema que podría poner a Kalos en un gran peligro.