La alegre Yuuki Cross y el rudo Zero Kiryuu son miembros del comité disciplinario de la Academia Cross, que alberga dos clases muy diferenciadas: la Clase Diurna y la Clase Nocturna. Su trabajo consiste en mantener el orden entre las clases cuando se intercambian. Aunque no parezca una tarea especialmente difícil, la Clase Diurna desconoce la verdad que se esconde tras la Clase Nocturna: sus magníficos alumnos son vampiros.

Hace diez años, Yuuki fue salvada de un ataque vampírico por Kaname Kuran, un vampiro de sangre pura. Ahora, Kaname es el líder de la Clase Nocturna, y el puesto de Yuuki en el comité disciplinario le permite volver a verle, lo que complica sus sentimientos hacia él. Mientras tanto, Zero siente un odio implacable hacia todos los vampiros y cree que nunca podrán vivir en armonía con los humanos. Pero un secreto del pasado de Zero pronto amenaza la frágil paz de todos en la academia, y puede que las cosas nunca vuelvan a ser como antes.